約20年前、宇宙に向けて人類が発信したメッセージに返事が帰ってきた。遠い宇宙の彼方の知的生命体は、遺伝子の基であるDNAの不思議な配列を返信していた。フィッチ(ベン・キングスレイ)率いる科学者グループは秘密研究所で、謎のDNAと人類のDNAを結合させる極秘実験を行う。DNAを注入された卵子はわずか数週間で女性の胎児、そして赤ん坊から少女へと成長を遂げた。科学者たちは彼女をシルと命名するが、やがて彼女の危険性を見抜き、抹殺しようとする。研究所から逃げ出したシル(ミシェル・ウィリアムズ)を捜し出すため、フィッチは各分野から選ばれた特殊チームを編成した。メンバーは、追跡と抹殺のエキスパートのプレストン(マイケル・マドセン)、霊能力者のダン(フォレスト・ウィテカー)、分子生物学者のローラ(マーグ・ヘルゲンバーガー)、異文化行動学の権威アーデン(アルフレッド・モリーナ)の4人。その間にも絶世の美女に成長を遂げたシル(ナターシャ・ヘンストリッジ)はロサンゼルスに向かい、生殖のために交尾の相手を捜し歩いていた。交尾に成功すれば、シルの種族が急速に繁殖することは必至だった。それは人類の絶滅を意味する。シルを倒すには細胞の一片も残らず焼き払わねばならない。チームはシルの行動を追うが、ことごとく失敗。アーデンとフィッチが犠牲になりながらも、醜怪な正体を現したシルを地底の洞穴に追い詰めた3人は、死闘の果てに辛くも焼き払うことに成功する。だが、その時すでにシルは子供を産み落としていた。